どうやら解決したっぽい。
起動時のディスクチェックを行ったところ、
その後数回のシャットダウンで、30秒台でシャットダウンされるようになった。
チェックディスクのログを見てみると・・・
Cleaning up 4883 unused index entries ＜略＞
Cleaning up 4883 unused security descriptors.
CHKDSK is compacting the security descriptor stream...
使ってないインデックスを削除して、
使ってない、セキュリティー記述子も削除して、
セキュリティー記述子の情報を圧縮している
といったログが出ていたので、たぶん、このあたりで改善したのだろうと思う。
というわけで、他にも、シャットダウンが遅くて困っている人は、
ディスクのチェックを試してみるよろし。